Scopul prezentului studiu l-a constituit identificarea mutațiilor SARS-CoV-2 dintr-o proba colectata în Bangladesh, în aprilie 2020, prin compararea acesteia cu secvența ARN a aceluiași virus, recoltată de la primii pacienți diagnosticați cu COVID-19 în Decembrie 2019, în Wuhan.

Pornind de la Genomul de referința SARS-CoV-2, în prezentul studiu am comparat o probă umană recoltată în aprilie 2020, în vederea identificării unor posibile modificări în secvența ARN a noului coronavirus.

Atât secvența pentru proba analizată cat și genomul de referință au fost descărcate din baza de date online NCBI. Proba aleasă în studiu se identifică cu SRS6669797 (respectiv SRR11801823) și a fost colectată din zona nazofaringiană, în Bangladesh la data de 18 aprilie 2020.

În vederea verificării calității secvenței ARN analizate, a fost utilizată aplicația online Galaxy (FASTQC) și pentru curățarea acesteia s-a utilizat Trimmomatic.

În vederea obținerii unui rezultat cât mai obiectiv, secvența ARN a probei a fost comparată cu cea a genomului de referință atât în Galaxy cât și în linie de comandă în Linux (Ubuntu 18.04), pentru care s-a folosit algoritmul de aliniere BWA-MEM.

Detectarea variantelor s-a realizat cu Freebayes în Galaxy, și cu Samtools în linie de comandă. Vizualizarea rezultatelor s-a efectuat cu IGV.

Rezultate

Numărul de variante detectate au variat în funcție de aplicația / algoritmul utilizat. Astfel, cu Freebayes au fost identificate  31 de variante, în timp ce cu Samtools au fost observate 9 variante. În figura 1 se pot observa, comparativ, mutațiile identificate atât cu Freebayes cât și cu Samtools.

Bectas Floriana 2020.06.24 Mutatii SARS COV 2

Figură 1 - Captură de ecran din softul IGV (Integrative Genomics Viewer)

Concluzii

Se pot trage două mari concluzii, și anume: indiferent de metoda utilizată, au fost identificate mutații suferite de SARS-CoV-2 față de genomul de referință. De asemenea, trebuie avut în vedere ca numărul și tipul acestor mutații depinde de metoda de calcul utilizată.

EU e-Privacy Directive